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生物芯片  
ScanAlyze 2.51 进行微阵列荧光图像分析软件。
Cluster 2.20 对大量微阵列数据组进行分析处理的软件。
TreeView 1.60 用图形来显示Cluster软件分析的结果软件。
ArrayMaker v2.6 stanford大学Brown实验室提供的基因芯片研究全套设备相配套的软件与文档。
J-Express pro 2.7 分析微阵列(microarray)实验获得的基因表达数据的软件。
IconoClust 3.1 Demo 用微阵列图像分析软件30天全功能演示版。
MAExplorer Version 0.96.34.01 基于JAVA程序的微阵列数据库数据采集软件。
FreeView和FreeOView 基于JAVA语言的系统树生成软件,接收Cluster生成的数据。
dchip 08.04.09版 DNA芯片分析软件。
SAM 3.01 微矩阵显著性分析软件,EXCEL软件的插件。
BRB-ArrayTools 3.7.0b1 显示和统计分析DNA微阵列基因表达数据软件包。
Pusamen 1.0 微阵列数据管理和分析中文软件。
AMADA 2.0.7 用来组织、研究、显示、分析微阵列(Microarray)数据软件。
DNA_MAP 1.0 分析显示微阵列(Microarray)数据软件。
GalFileGenerator v1.4 数据转换软件。
Array-A-Lizer 1.03 DNA阵列实验结果快速分析软件。
cluster 3.0 08.03.08版 日本学者编写的cluster软件的增强版。
ExpressionSieve Lite 微阵列数据分析与显示软件包简化版。
GenePattern 3.1 MIT学者用JAVA语言编写的表达分析高级生物医学分析软件平台。
GenMAPP 2.1 基因表达微阵列数据进行分析并图形化显示软件。
MADAM v4.0 微阵列数据管理器。
Spotfinder 3.11 快速分析微阵列图像工具软件。
MIDAS 2.19 微阵列数据分析系统。
MeV v4.1.01 通用微阵列分析工具。
TreeArrage 对微阵列表达数据进行重新排序和聚类分析软件。
Java Treeview 1.1.1 开放源代码的微阵列数据显示软件。
EXPANDER 4.0 基因表达与显示软件包。
OligoArray 2.1 基因组规模微阵列的寡核苷酸探针设计软件。
BAGEL 3.62 微阵列数据统计分析软件;
CAGED 1.0 基因表达数据分析软件;
GAAS 大规模基因表达数据分析、显示与储存软件;
GLR 微阵列数据统计分析软件
ANOVA 2.0 微阵列基因表达数据统计软件;
Rosetta 基因表达数据分析系统
  一系列使用office中的EXCEL宏文件编制的芯片数据处理和分析模板
  standford大学一位教授写的数个芯片数据分析小程序及源程序
UCSF Spot 另一个微阵列扫描图像分析软件;
ArrayMiner 5.3简易版 微阵列数据分析软件;
Venn Mapper 1.01 比较非同源微阵列数据软件
MAIA 2.75 Demo 微阵列图像分析软件。
MAGIC Tool 2.1 微阵列数据图像分析软件。
Array Tools 3.3 微阵列数据处理excel插件。
GENOM 2005 分析微阵列实验数据软件
检索与阅读            
超星图书阅览器 4.0T 在线读取超星图书馆网上电子图书的客户端软件。
PubCrawler2.2 Medline文献库与GenBank核酸序列库检索软件。
CajViewer 7.0.1 读取中国期刊网电子期刊全文所必备的阅览器。
国图浏览器 浏览中国数图的必备软件。
书生阅读器 7.1 浏览书生之家数字图书馆的必备软件。
Scholar's Aid 4 AE版 4.1.0.0版 文献参考资料等日常资料的整理软件。
医网打尽 6.0版 主要用于生物医学类和普通类搜索中文软件
JaniSearch 0.4 智能搜索软件,包含16个医学、生物学相关的搜索引擎。
药审中心受理品种搜索专家2.31专业版 可以直接从国家药品审评中心的数据库搜索指定药品的受理号、厂家、申报时间、审评进度、付费情况等详尽资料
蓝宙非处方药大师1.03版 收集整理了将近4000个OTC品种的详尽资料
中国爬行动物检索王1.0 东北林业大学开发的国内第一款动物学方面的检索软件
医学文献王2.0试用版 医学文献管理软件。
SCIip 2005年度SCI影响因子(impact factor)查询工具
PubAbstracts PubMED摘要整理工具
AgilentLS 2.4 文献检索软件。
EasyKey 1.1 生物物种检索系统。
NoteExpress 1.9.3.198 中文文献检索与管理系统。
Apabi Reader 3.1 方正Apabi阅读器。
cvtCNKI 2.0.3b2 CNKI文献格式转换软件。
质粒绘图  
Plasmid Processor 1.02 绘制质粒图软件。
pDRAW 1.1.93 DNA分析与绘图软件,可绘制线性或环形DNA图。
Visual Cloning 3.2.4 Demo 是有名的绘制质粒图Redasoft Plasmid 1.1软件的升级版。
SimVector 4.20 Demo 质粒图绘制软件。
CloneMap 2.11 Demo 质粒作图软件演示版。
ApE 1.11 质粒构建与显示及绘制软件。
BVTech Plasmid 1.0 质粒绘图免费软件。
pCIRCLE 3rd Flash MX 2004 制作的用于绘制环状质粒的软件
Plasm 1.4.0 质粒绘图软件。
XPlasMap 0.9 苹果电脑的质粒绘图软件。
PlasMapper 2.0 在线绘制质粒工具。
NetPlasmid 在线质粒绘制工具
Savvy v0.1 在线质粒绘制工具。
RNA分析            
RNAdraw 1.1b2 RNA二级结构分析软件。
RNAstructure 4.5 预测RNA二级结构图。
RnaViz 2.0 RNA二级结构图绘制程序。
loopDloop 2.07b Java语言写成的绘制RNA二级结构的软件。
Circles 0.1.0 使用比较的方法分析RNA二级结构软件。
SStructView 1.2 用JAVA脚本语言写成的RNA二级结构显示软件
Vienna RNA Package 1.6.4 维也纳大学RNA二级结构预测与比较软件包
XRNA1.1.12b 基于java的生成、显示、注释RNA二级结构的软件
STAR Demo RNA结构分析软件
PseudoViewer 3.0 RNA二级结构显示软件
OligoEngine RNAi设计软件
KineViewer 查看RNA折叠在线预测KineFold结果的软件,
RNAshapes 2.1.1 分析RNA二级结构软件
pknotsRG 1.3 预测RNA二级结构软件,
miRanda 1.0b 查找基因组中潜在的RNA位点软件 ,
RNAz 1.0 预测结构保守热稳定RNA结构软件
RnaFamily java编写的用于显示一个RNA分子族的所有二级结构小软件
RNApasta 070518 Java语言所写的比对和结构注释RNA序列统计分析工具
CLC RNA Workbench 1.0.1 分析RNA序列的综合工具
siDirect 在线RNAi设计软件
tRNAscan-SE 在基因组数据中寻找tRNA基因的在线工具
序列格式转换            
vised 1.1 序列输入分析和格式转换软件。
ForCon 1.0 多序列文件格式转换软件。
SeqVerter 2.0.3.7 序列格式转换软件。
GeneStudio Pro 2.1.0.0 序列格式显示、编辑与转换工具软件。
FASTA/BLAST SCAN 2.3 FASTA与BLAST查询输出文件的处理软件。
RevComp 2.4 序列格式转换软件。
MatchCode2.0 将蛋白和核酸序列进行简单匹配和格式化输出的中文软件。
BioCocoa 2.0 提供给软件开发者Objective-C语言的各种序列格式的读写支持模块
DNACompress 免费的DNA序列压缩软件
SeqnConverter 3.0 将不同格式的序列文件转换成FASTA格式软件。
APSC 1.0 蛋白序列格式转换工具。
Readseq 2.1.24 序列编辑与格式转换软件
ETSTools EST数据库建立系统辅助软件
XML2PDB XML格式3维分子文件转换为PDB格式文件的软件
DNAsmac 1.5.0 序列管理与格式转换软件;
DataConvert 1.0 还增加序列格式转换软件软件。
Fasta2MultiFasta v1.7 将多个单序列fasta格式文件合并为多序列fasta格式文件软件
abi2xml 1.2 将ABI格式的DNA序列文件转化为XML格式文件的软件
multi-FASTA2FASTA 1.0 将多序列fasta格式文件转化为多个单序列fasta格式文件软件。
PCR相关  
primer Premier 5.0 Demo 引物设计工具。
Oligo 6.71 Demo 引物分析著名软件。
Primer D'Signer 1.1 专门用于pASK-IBA和pPR-IBA表达载体免费的引物设计辅助软件。
Array Designer 4.24 Demo 批量设计DNA和寡核苷酸引物工具,
Beacon Designer 7.01 Demo 实时荧光定量PCR分子信标(Molecular beacon )及TaqMan探针设计软件。
NetPrimer JAVA语言写成的免费引物设计软件。
e-PCR 2.3.7 识别DNA序列标签位点(STSs)电子克隆软件。
FastPCR 5.1 快速设计各种类型PCR引物软件。
OligoMaster 1.0.151 多用户寡核苷酸管理软件。
TGGE-STAR PCR结合梯度凝胶电泳实验引物设计软件。
PerlPrimer v1.1.14 免费的用来设计引物的开源软件。
AmplifX 1.4 设计与管理引物的软件。
AutoDimer 1.0 快速筛选二聚体引物软件。
MutaPrimer 1.00 用于定点突变的引物设计桌面工具
ORFprimer 1.5.1 JAVA语言设计的引物设计软件
Primer Prim'er 5.6.0 Flash制作的PCR引物设计软件。
The Primer Generator 在线引物设计程序。
Primer 3 比较有名的在线引物设计程序。
Primo Pro 3.4 在线PCR引物设计java系列软件。
Web Primer 斯坦福大学提供的在线引物设计软件。
AutoPrime 快速设计真核表达实时定量PCR引物在线软件。
蛋白质分析  
ANTHEPROT 5.2 蛋白序列分析软件包。
pSAAM 蛋白序列分析软件包。
VHMPT 螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件。
WinPep3.01 分析蛋白序列的工具软件。
MPEx 3.0 研究膜蛋白拓扑学结构和其它特性的JAVA软件。
Osprey 1.2.0 蛋白质相互作用网络可视化系统
PIN 2.0 显示蛋白质交互作用网络和功能注释软件。
InterViewer 4.0 显示和分析蛋白交互作用软件
Fiter 1.0 对蛋白质的MALDI-TOF分析结果数据进行数据滤除的免费中文软件
GPMAW 7.10 DEMO 蛋白质质谱与序列分析软件;
STORM 1.01 同时对蛋白序列进行BLAST/FASTA/Pfam/ProtParam分析软件
PIVOT 2.0 显示蛋白交互作用图的JAVA软件
WinPep3.01 蛋白质分析栏目增加分析蛋白序列的工具软件
PAT 0.9 JAVA语言写成的蛋白序列比对工具
CLC Protein Workbench 3.0.3 Demo 蛋白序列分析软件
ProTag 1.3 Office软件的插件蛋白标签软件。
生化教学  
mmp.zip 将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来。
linpath.zip 线性酶反应模拟软件。
protlab 3.01 蛋白质纯化仿真软件。
MOLMED.ZIP 生化基础概念演示教学程序。
Biochem1.75 生化教学文件。
photo 光合作用教学程序。
《生物化学》练习题软件 本套题共包括14章内容,每章练习题有单项选择和多项选择两套题,题库总题数近700道。
Adrenalin 肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示。
金排生物画板 6.2 专门用于编写生物类教学文档工具软件。
  中文生物化学三大代谢图
Virtlab 2.0 用于教学目的的虚拟的分子生物学实验室软件
GENUP 5.3 定量遗传学辅助教学软件。
hands on genetics 2.0 12个生物教学程序
ScienceMatrix Demo 细胞结构和功能教育软件。
Digital Frog 2.5 数字青蛙
CTB 2.0 细胞、组织、身体动画图解软件
Molecular Genetics 3.1 教学软件
趣味生物软件  
Life32 2.16 这是目前运行最快的细胞生命程序。
Primordial Life 3.21 原始生命屏幕保护程序。
breeder 3.0 培养杂交植物的小游戏。
Cafun 1.0 使用细胞自动机模拟复杂的自然界现象软件。
Molecular Expressions 演示显微镜下的分子图形。
Irving Geis SS 分子生物学内容的屏幕保护。
cyclovir.exe 一种抑制DNA复制药物Acyclovir机理演示的屏幕保护程序。
ProteinMusic 1.1 用JAVA语言编写的将DNA序列转换为音乐的软件。
DNA Coder v1.5 DNA碱基加密文件资料的软件。
MP 2.0 彩色荧光生物学图片屏幕保护程序。
Folding@home 5.03 运用分布式计算技术运算蛋白折叠屏幕保护程序。
d2ol 3.0 运用分布式计算技术进行药物研究的屏幕保护程序。
3D BioMolecula ScreenSaver 1.1 三维生物分子屏幕保护程序。
3D DNA Screesaver 1.0 三维DNA分子屏幕保护程序。
LIVING CELL 3D SCREENSAVER 1.3 3D细胞屏保
3D CHEMICAL ELEMENTS SCREENSAVER 三维化学分子屏保
INSIDE THE CELL 3D 3D细胞屏保
Pus-Poppin Frogs 1.0.1 关于SNP和药物副作用关系的游戏;
VEM 一个虚拟电子显微镜小游戏
Microbworld “微生物世界”屏保。
Bio2MIDI v2.1 将DNA序列或者蛋白序列文件转换为音乐的软件。
三个遗传flash游戏 GSK(葛兰素史克制药公司)的游戏。
Bugs 2.0 模拟微生物生长繁殖的软件
Binary 显示DNA序列屏幕保护程序
DNA Helix 1.0 DNA双螺旋屏保
Gene Pool 6 人工生命模拟软件。
Darwin Pond 人工生命模拟软件。
Dna-baser屏保 Dna-baser屏保
化学绘图            
ACD/ChemSketch 10.0 绘制分子结构的免费软件。
Chemfont 97 化学符号与Ture Type字体,可以在WORD中直接插入文章中.
ISIS DRAW 2.5 绘制化学结构式的免费软件。
Marvin 4.1.13 JAVA语言编写的小巧好用的化学结构式绘制程序。
ACD/Structure Drawing Applet 1.30 绘制化学结构式免费JAVA小程序。
CarboDraw 1.0 免费的绘制碳氢化合物化学式软件。
化学金排 9.0 基于WORD平台的一套化学专业排版辅助中文软件
小猪化学分子结构模型编辑器 用于建造三维化学分子结构模型的应用程序。
ChemFormatter 1.2.4 760K,方便输入化学符号的word的免费插件。
1LanzCHE 一个化学符号与Ture Type字体
Chemistry 4-D Draw Demo 化学绘图软件
JChemPaint 2.21 java语言编写的免费分子结构编辑器。
ChemDraw Ultra 11.0 Trial 很有名的化学绘图软件,可试用两周,请到原始网站申请试用码。
   

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