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三维分子类

RASMOL 2.7.4.2	观看生物分子3D微观立体结构的软件。
RasTop 2.2	为RasMol的图形用户界面软件，免费，简化RASMOL的使用。
MolMol 2k.2	显示、分析PDB三维分子的软件。
CrystInfo 1.0	是一个Windows应用程序，用来快速、容易地构建、观察与检查晶体结构。
DS Visualizer 1.7	3维分子浏览工具，30天试用版，功能也十分强大。
ICM-Browser 3.5	3维分子浏览工具，并具有序列比对显示功能，免费推出。
VMD 1.8.6	用来显示生物分子的微观立体结构，更棒的功能是可以利用内建的功能，做出动画效果。
CN3D 4.1	See in 3D的缩写。允许你在线作为客户端可视并交互地观察NCBI Entrez数据库的立体蛋白序列。
WPDB 2.2	美国国家计算机科学与工程学实验室开发的基于Windows的PDB文件查询与处理分析软件。
DTMM 4.2 Demo	是一个简单易用的3维分子模型显示、编辑与构建程序。
gopenmol 3.0	是一个显示并分析分子结构及其特性，计算分子轨道、电子势的软件包。
POV-Ray 3.7b23	是一个高质量、完全免费创造最棒三维图像的非常有名的工具。
MegaPov 1.2.1	是Pov-Ray非官方编译版本，三维渲染效果更好。需要安装Pov-Ray。
Mol2Mol 5.6.0 Demo	主要用来进行各种分子文件的转换，支持30种主要分子格式，也可以用来进行3维分子的简单显示。
MolPOV 2.0.8	MolPOV是PDB格式至POV格式转化工具。
PovChem 2.1.1	免费软件，注册码：APyUrblJnYZr，将PDB格式分子文件转化为POV格式，再使用POV-Ray v3.1g进行3D加工。
Ortep-3 1.08	用来生成分子的热椭圆形点图。
PWT(PLATON for Windows Taskbar) 1.12	PLATON是通用结晶学软件工具。
Mage 6.44	读取并演示Kinemage格式文件的专用软件。
Prekin 6.42	将PDB格式文件转换为对应的kinemage格式的专用软件。
KiNG 2.13	(Kinemage, Next Generation)的缩写。三维分子Kinemage的显示软件。
Swiss-PdbViewer 3.7 sp5	是一个界面非常友好的同时分析几个蛋白PDB文件。
StrukEd Demo	化学分子编辑与三维模型生成软件StrukEd Demo。
JMVC 4 041122版	Java3D Molecular Visualisation System 的缩写，使用JAVA技术编写的三维分子查看器。
Re_View 1.0	为读取及分析XYZ格式三维分子文件的软件。
Oscail X 2007 Ver 2	用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包。
Moilin X 2006	分子构建与观察软件，是Tinker软件的Windows界面程序。
Tinker 4.2	为DOS下的分子设计建模软件，可使用许多常用参数集。
Biodesigner 0.75	免费的分子建模与显示软件，支持多种三维分子格式。
MoluCAD Demo	分子建模与显示工具软件演示版。
DS Visualizer ActiveX Control 1.7	三维分子显示控件。
ACD/3D Viewer for ISIS 4.5	免费的ISIS Draw三维显示插件，需要先安装ISIS Draw（见化学绘图类）。
PyMOL 0.99rc6	一个免费且公开源代码的三维分子显示、动画、编辑程序。
Qmol 3.01	含源代码。一个基于OpenGL的三维分子显示软件。
Protein Explorer 2.80	显示蛋白和核酸等大分子三维结构的免费浏览器插件，是RASMOL衍生出的软件，速度快。
WinMGM 2.0b	一个分子图像程序，可显示和处理三维分子。
Chimera 1.2470	免费的交互式分子模型显示程序。
Jmol 11.2.14	java语言写成的开放源代码的免费三维分子显示程序。
Ramachandran Plot Explorer 1.0	蛋白分子显示软件。
ProteinScope LE 1.0.5	免费PDB蛋白三维显示软件，需要系统支持 DirectX 9.0b。
CHIME 2.6 SP7	IE与NetScape浏览器插件,安装后,可以直接用浏览器观看PDB格式的文件。
YASARA View 7.12.5	是免费分子显示软。
NOC 3.01	免费的蛋白3维结构构建、显示、分析软件。
3DNA 1.5	分析、构建、显示核酸三维结构的软件。软件需要Cygwin环境。
ArgusLab 4.0.1	分子构型、绘图和药物设计软件。
CueMol 1.1.0.178	免费的分子结构显示和三维渲染软件。
MOLDA 6.5 r2	分子模型构建程序。
jimp 2 0.091	显示三维分子软件。
SweetMollyGrace 1.2	三维分子渲染与动画软件。可读取各种三维格式的文件。
Facio 11.2.1	三维分子建模、显示与量子化学计算程序。
VEGA ZZ 2.1.0	支持多种三维格式并可进行显示、计算、分析的免费软件。
GDIS 0.773	三维分子显示软件。
PDBlib 2.2	显示PDB文件的C++库，可用于编程。
AGM View 1.0.3 beta AGM Build 1.0.3 beta	三维分子显示软件和分子设计建模软件。
QuteMol 0.4.1	开源的三维分子显示软件。
BALLView 1.2	分子三维建模、显示软件
	以上软件，除特别注明外，均在生物软件dvd光盘2中。