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进化树分析

PAUP	PAUP（简约法和其他方法的亲缘分析）是由简约法、最大似然法和距离法用于亲缘分析的程序，为系统发育分析提供一个简单的，带有菜单界面的，与平台无关的，拥有多种功能（包括进化树图）的程序。本站提供正版PAUP软件代购服务，详情请进。
Phylip 3.67	进行进化树分析。它可以分析DNA与蛋白序列，限制位点等，并可绘制进化树。程序含有许多选项可以精确控制与分析。
TreeView 1.6.6	是用来生成与打印进化树的软件，它可以读取NEXUS与PHYLIP生成的进化树格式文件，生成进化树,并输出到打印机。
GeneTree 1.3	是用来比较基因与种系进化树的程序。
NDE 0.5.0	NDE是用来编辑NEXUS格式文件的程序，见上TREEVIEW。它只具有编辑功能，并不具有分析功能。
TreeMap 1.0	用来可视地比较主、从进化树。
Phyltools 1.32	是Phylogenetic Computer Tools的缩写，是一个与进化树软件Phylip共同使用的软件，用来计算与处理进化树数据的软件，包括RFLP、RAPD与AFLP数据。
tree-puzzle 5.2	核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具。根据序列数据的最大相似性构建进化树，可对大量数据进行快速分析构建，程序还包含数个统计测试。解压后，有详细使用手册及程序源代码。
ATV 4.0a5	(A Tree Viewer的缩写，是一个Java语言编写的工具，用来显示"New Hampshire"与NHX格式的进化树文件。
TREECON 1.3b Demo	是一个主要用来构建和绘制进化树的软件包，还可进行序列距离评估计算、文件格式转换等工作。演示版不能打印与存储，只能配合截图工具使用。
ProBiosys 0.9	主要用来比较表现型分类法数据和分析计算核酸序列数据距离值的软件，进而构建进化树。
COMPONENT 2.0	分析进化树免费软件。
NJplot	一个小巧的显示进化树的免费软件，可以显示标准进化树文件（例如PHYLIP软件所用格式）的二进制进化树。
MEGA 4.0	免费分子进化遗传分析软件，也是文献中经常用到的软件。该版本对使用界面做了优化，并有多种统计学算法。
TreeSAAP 3.2	(Selection on Amino Acid Properties的缩写)蛋白序列进化分析软件。
mesquite 2.0	进化分析软件，JAVA语言写成需要安装java环境。
PAL 1.51	Phylogenetic Analysis Library的首字母缩写，进化分析java程序库。
Vanilla 1.2	使用PAL编写的进化分析命令行程序。
SplitsTree 4.8	JAVA程序编写的分析和显示进化数据软件。需要安装TCL/TK程序方可运行。
TCS 1.21	JAVA程序所写的进化网络分析软件。
GEODIS 2.5	进化分析软件。
RDP 3b22	重组分析软件。
FastME 1.0	非常快速精确的进化树软件。
REAP	DOS下的进化分析软件包。
T-REX 4.01	进化树构建分析软件。
FSTAT 2.9.3.2	基因差异分析软件。
ProfDist 0.9.7	构建大进化树软件。
STC 1.2	新的算法构建进化分析软件。
SymmeTREE	命令行差异分析软件。
PVT	Phylogenetic Visualization tool，进化树显示工具。
TREEFINDER 200706版	计算进化分析软件。
PHASE 2.0	PHylogenetics And Sequence Evolution的缩写，序列进化分析软件。
BAMBE 2.01b	Bayesian Analysis in Molecular Biology and Evolution的缩写，分子生物进化分析软件。
MODELTEST 3.7	核苷酸替换DNA进化最优模型分析软件。
MTgui 1.5	MODELTEST 的WINDOWS图形操作介面软件。
Clann 3.02	以色列科学家编写进化树分析软件。
Phylogenetic Independence 2.0	进化独立性分析软件。
Jevtrace2 v3.12b	需要到原始网站注册。JAVA语言写的进化分析软件。
NimbleTree 2.6	需要到原始网站注册注册下载，建立进化树软件。
Phyl-O-Gen 1.1	构建进化树软件。
BEAST 1.4.6	贝叶斯进化分析软件。
MESA 1.9.23	(MacroEvolutionary analysis and SimulAtion) 宏进化分析和模拟软件。
TreeJuxtaposer 2.1	进化树比较分析软件，JAVA语言编写。
TreeExplorer 2.12	进化树绘制显示软件。
TreeMe 03/2007	进化树生成和显示软件。注册费，549欧元（未含税）。
DNATREE 1.2	DNA序列进化分析软件。
Genie 3.0	(Genealogy Interval Explorer)系谱间隔分析软件，用于病毒基因或其它序列数据的进化分析。
Pebble v1.0	进化分析软件；
ArboDraw	进化树绘图软件
PhyloDraw 0.82	进化树绘图软件.
MrBayes 3.1.2	进化树分析软件；
Network 4.201	进化树生成软件；
PhyDE 0.993	进化数据编辑器；
PRAP 1.21	Parsimony ratchet分析软件
	以上软件，除特别注明外，均在生物软件光盘DVD2中。