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RNA分析类

RNA draw 1.1 b	RNA draw 1.1b2 RNA二级结构分析软件。
RNAstructure 5.3	Unix平台软件mfold的java版本。
RnaViz 2.0	界面友好的RNA二级结构图绘制程序。可生成发表质量的二级结构图，可显示一些特殊结构。
loopDloop 2.07b	Java语言写成的绘制RNA二级结构的软件，需要安装JAVA虚拟机。
Circles 0.1.1	使用比较的方法分析RNA二级结构软件，并以标准格式输出预测的二级结构。
SStructView 1.2	用JAVA脚本语言写成的RNA二级结构显示软件。
Vienna RNA Package 1.8.5	维也纳大学RNA二级结构预测与比较软件包。
XRNA 1.2.0b	基于java的生成、显示、注释RNA二级结构的软件，可很容易地编辑、修改、生成发表质量的RNA二级结构图。
PseudoViewer 3.0	RNA二级结构显示软件。
OligoEngine 2.0	RNAi设计软件。
pknotsRG 1.3	预测RNA二级结构软件，包括pseudoknots（假扭结）结构。
RNAshapes 2.1.6	分析RNA二级结构软件。
miRanda 201008	查找基因组中潜在的RNA位点软件。软件运行需要安装JAVA运行环境。
RNAz 1.0	预测结构保守热稳定RNA结构，可用于基因组中筛查功能RNA结构等等。
RnaFamily	java编写的用于显示一个RNA分子族的所有二级结构小软件。
RNApasta 1.01	Java语言所写的比对和结构注释RNA序列统计分析工具。
CLC RNA Workbench 4.5.2	分析RNA序列的综合工具。
RnaDv 1_0	RNA二级结构显示软件
RNA Baser2.77.2	RNA序列分析工具软件
Assemble 1.0.4	构建和研究RNA结构的图形软件
VARNA 3.6	RNA二级结构显示插件
nocoRNAc 1.22.1	非编码RNA鉴定软件
	以上软件，除特别注明外，均在生物软件DVD光盘1中。
在线工具
siDirect 2.0	siRNA在线设计软件。
tRNAscan-SE 1.21	在基因组数据中寻找tRNA基因的在线工具。