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RNA分析类

RNA draw 1.1 b	RNA draw 1.1b2 RNA二级结构分析软件。
RNAstructure 4.5	Unix平台软件mfold的for Windows版本。
RnaViz 2.0	界面友好的RNA二级结构图绘制程序。可生成发表质量的二级结构图，可显示一些特殊结构。
loopDloop 2.07b	Java语言写成的绘制RNA二级结构的软件，需要安装JAVA虚拟机。
Circles 0.1.0	使用比较的方法分析RNA二级结构软件，并以标准格式输出预测的二级结构。
SStructView 1.2	用JAVA脚本语言写成的RNA二级结构显示软件。
Vienna RNA Package 1.6.4	维也纳大学RNA二级结构预测与比较软件包。
XRNA1.1.12b	基于java的生成、显示、注释RNA二级结构的软件，可很容易地编辑、修改、生成发表质量的RNA二级结构图。
STAR Demo	RNA结构分析软件，用于对RNA序列进行二级结构预测。Demo版只能分析给定序列。
PseudoViewer 3.0	RNA二级结构显示软件。
OligoEngine	RNAi设计软件。
KineViewer	查看RNA折叠在线预测工具KineFold结果的软件。
pknotsRG 1.3	预测RNA二级结构软件，包括pseudoknots（假扭结）结构。
RNAshapes 2.1.1	分析RNA二级结构软件。
miRanda 1.0b	查找基因组中潜在的RNA位点软件。软件运行需要安装JAVA运行环境。
RNAz 1.0	预测结构保守热稳定RNA结构，可用于基因组中筛查功能RNA结构等等。
RnaFamily	java编写的用于显示一个RNA分子族的所有二级结构小软件。
RNApasta 070518	Java语言所写的比对和结构注释RNA序列统计分析工具。
CLC RNA Workbench 1.0.1	分析RNA序列的综合工具。
	以上软件，除特别注明外，均在生物软件DVD光盘1中。
在线工具
siDirect	siRNA在线设计软件。
tRNAscan-SE 1.21	在基因组数据中寻找tRNA基因的在线工具。