核酸数据库	2008.10.29更新
EMBL Database	欧洲分子生物学实验室（European Molecular Biology Laboratory ）核酸序列数据库，为欧洲最主要的核酸序列数据库，世界两大核酸数据库之一。
GenBank	美国国家生物技术情报中心（NCBI，National Center for Biotechnology Information）基因序列数据库。美国最主要的核酸序列数据库，世界两大核酸数据库之一。
DDBJ	DNA database of Japan (Mishima)，位于日本的核酸序列数据库，为亚洲主要的核酸序列数据库。
HIV Database	HIV序列数据库。
IMGT	ImMunoGeneTics数据库含有与免疫系统有关的核酸序列数据。
dbEST	序列表达标记数据库（Expressed Sequences Tags）。
5S rRNA	5S rRNA 数据库。
EPD	真核启动子数据库（Eukaryotic Promoter database）
蛋白数据库
SWISS-PROT	SWISS-PROT 蛋白序列数据库，由日内瓦大学医学生物化学系与EMBL（欧洲分子生物学实验室）共同维护，是欧洲最主要的蛋白序列数据库，世界两大蛋白序列数据库之一。
PIR	PIR（Protein Information Resource）蛋白信息数据库，由美国国家生物医学研究基金会（National Biomedical Research Foundation)维护。是美国最主要的蛋白序列数据库，为世界两大蛋白序列数据库之一。
PDB	Brookhaven蛋白序列三维立体结构数据库。
PROSITE	蛋白特征序列字典。
ENZYME	蛋白酶数据库。
REBASE	限制酶数据库。
HSSP	同类二级结构蛋白（Homology-derived secondary structure of proteins ）数据库。
BLOCKS	蛋白序列块数据库（Protein Blocks Database）。
KABAT	具有免疫学重要性的蛋白数据库（Database of Proteins of immunological interest）。
InterPro	蛋白家族数据库Protein Family Database数据库。
TMBASE	跨膜蛋白数据库，包括一些预测工具。
基因组数据库
DICTYDB	盘基网柄菌（Dictyostelium discoideum ）基因组数据库。
EcoGene	大肠杆菌（Escherichia coli）K12基因组数据库。
FLYBASE	果蝇（Drosophila ）基因组数据库。
MAIZEDB	玉米基因组数据库。
SGD	酵母菌（Saccharomyces）基因组数据库。
SUBTILIST	纤小杆菌（Bacillus subtilis ）168基因组数据库。
WORMPEP	蠕虫（Caenorhabditis elegans )基因组计划蛋白数据库。
其它数据库
GCRDB	G-蛋白结合受体数据库(G-protein--coupled receptor database)。
OMIM	MIM 人类孟德尔遗传学数据库（Mendelian Inheritance in Man Database）。
RHDP	放射杂交体数据库(The Radiation Hybrid Database)。
SWISS-2DPAGE	日内瓦大学（the University of Geneva）人类两维凝胶蛋白数据库（Human 2D Gel Protein Database）。
TRANSFAC	转录因子数据库（Transcription factor database）。
SRPDB	信号识别位点数据库（Signal recognition particle database ）。
中国微生物资源数据库群	包括中国微生物菌种目录数据库、 经济真菌多媒体数据库 、革兰氏阴性杆菌编码鉴定数据库、微生物物种编目数据库、国际微生物菌种数据网络MSDN中国国家节点、国际核酸序列数据库(DDBJ/GenBank/EMBL数据库)、国际微生物性状编码数据库、弧菌编码鉴定数据库、培养基数据库、亚洲石耳数据库、真菌新种数据库等等